После обновления в Xсode 8.3 исчезло окно управления provisioning profile проекта. Им было удобно пользоваться для принудительного удаления и скачивания профайлов. Например, когда добавляешь на Developer Portal новые устройства для ad-hoc установки, профайл в Xcode обновляется далеко не сразу и не всегда. Чтобы решить эту проблему, можно было зайти в настройки аккаунта, открыть окно управления профайлами и сертификатами, нажать правой кнопкой мыши на профайле, выбрать «Move to trash», после чего заново скачивался новый.

Сейчас такой возможности нет из-за того, что в Xcode 8 ввели Automatic provisioning, и видимо в Apple сочли, что такая возможность больше не требуется. Проблема же с тем, что профайл не всегда обновляется после внесения изменений на Developer Portal осталась.

Существует очень простое решение: нужно зайти в директорию /Users/michail/Library/MobileDevice/Provisioning\ Profiles (это Library, которая в домашней папке, нужно включить отображение скрытых файлов чтобы её увидеть) и удалить нужные профайлы, или всё содержимое, Xcode потом автоматически загрузит свежие профайлы.